上場株式や社債などの振替（電子化）業務を担う日本で唯一の振替機関。証券取引の決済照合やDVP決済支援など、資本市場の後方インフラ（ポストトレード）を支える中核的存在。
上場株式・社債・投資信託受益権などのペーパーレス化（電子化）と振替決済を担う法定インフラを運営し、証券会社・銀行・信託銀行など数百の参加者に決済照合サービスを提供する。
証券会社・銀行・信託銀行・上場企業などが利用者であり、振替手数料・システム利用料が主な収益源となる非営利性の強い公共的インフラ運営体。
日本で唯一の振替機関として法的に独占的な地位を持ち、日本証券クリアリング機構（清算機関）とともに国内証券決済インフラの根幹を担う。
決済インフラのシステム更改・クラウド化、株式等振替制度のさらなる利便性向上、デジタル証券（セキュリティトークン）関連の制度対応に注力しており、システム部門・企画部門の採用を行っている。
「安全・確実な証券決済インフラの提供を通じて資本市場の発展に貢献する」ことを基本使命として掲げる。
市場の安定稼働を支える使命感、正確性と堅牢性を重視する業務姿勢、規制対応や制度設計に地道に取り組める人材を評価する。